1. 침해금지 또는 예방청구는 현재 특허가 존속하고 있는 경우에만 행사가 가능합니다. 손해배상청구의 경우 특허권이 소멸되어도 소급소멸이 아니라 장래 소멸인 경우 과거의 침해행위에 대해 행사가 가능하기 때문에 손해배상청구소송을 통해서 보상이나 손해배상을 받을 수 있을 것 같습니다.
2. 질문의 요지를 잘 이해하지 못했습니다만 이 판례의 경우 특허권자와 전용실시권자 사이에 "귀하의 승낙 없이 특허를 임의대로 사용하지 않겠다"라는 제한을 두었습니다. 판례에서 말하는 전용실시권자가 등록되어 있지 않은 제한을 넘어 특허발명을 실시했다는 것은 이 경우 특허권자의 승낙을 받지 않고 특허를 임의대로 사용했다는 것으로 보여집니다.
전용실시권자의 경우 특허법 100조 2항에 따라 전용실시권을 설정한 범위에서 특허발명을 업으로써 실시할 권리를 독점합니다. 이때 그 범위 내에서는 특허권자도 실시할 수 없습니다. 만약 특허권자가 전용실시권자와 범위를 설정했음에도 불구하고 그 범위를 등록해놓지 않았다면 효력이 발생하지 않기 때문에 전용실시권자가 그 내부적인 범위를 넘어 특허권자의 배타권을 침범하더라도 제3자는  그 전용실시권자의 실시행위가 특허권자의 배타권영역인지 전용실시권자의 배타권영역인지 알 수 없기 때문에 특허법상의 침해는 아니라고 보여집니다.. 어느경우든 침해가 성립하지 않는지는 저도 변리사님의 답변을 듣고싶네요.. 모두 제 사견이었습니다.

2번에 대해서 조금만 덧붙이겠습니다.

전용실시권의 설정, 이전, 변경 등은 제101조 1항 2호에 의해 등록되어야 효력이 발생합니다. 전용실시권의 제한이 등록되지 않았다면 제한 없는 전용실시권이나 마찬가지입니다. 따라서 제한을 넘어 실시하더라도 특허법상 특허권을 침해한 것은 아닙니다. 다만 전용실시권계약상 채무불이행 책임을 질 수는 있습니다. 이를 판시한 것입니다.

‘전용실시권자가 자신의 배타권영역을 넘어 실시한다’는 질문에 대해서는 무엇을 궁금해하시는지 알 것 같습니다.

전용실시권 설정시 정한 범위가 그 배타권영역이 될 것으로 보입니다. 다시 말해 그 범위(영역)를 등록했다면 등록범위를 초과한 전용실시권자의 실시는 특허권 침해를 이룹니다. 언제나 전용실시권자의 실시가 특허권을 침해하지 않는다는 법리는 없는 것으로 알고 있습니다.